A LDB nº 9. 394/96 deu autonomia às escolas, pois são elas próprias que devem elaborar e aplicar seu Projeto Político Pedagógico. Projeto esse que deve ser elaborado a partir da realidade da escola e na percepção da mesma sobre educação.
Não existe conteúdo programático listado a ser seguido, não há livros obrigatórios a serem adotados. E essa autonomia muitas vezes provoca o medo em quem se acostumou a trabalhar com o linear.
Repensar toda essa organização curricular, além de causar desconforto, traz o medo do desequilíbrio. Implica ainda mexer na forma hierarquizada das disciplinas e seus saberes. Essa hierarquização se dá de forma fragmentada, caracterizando assim, a escola tradicional.
Contudo, há de salientar que a escola do século XXI deve ter objetivos claros e concisos, para que não se confunda autonomia escolar com anarquia escolar.